公积金基数是指个人和单位每月为职工缴纳住房公积金的计算依据。假设某地规定个人和单位各自按照职工月平均工资的5%缴纳公积金，那么当公积金基数设定为5000元时，具体缴纳情况如下：

首先，公积金基数5000元意味着员工的月平均工资为5000元。在此基础上，企业和个人将按照一定的比例来缴纳公积金。以5%的比例为例，企业每月需为该员工缴纳250元（5000元×5%），个人也需缴纳250元。因此，该员工每月的公积金总额为500元。

然而，不同地区的规定可能有所不同，有的地方可能要求更高的缴纳比例，例如8%或更高。此外，一些地区还设定了公积金缴纳基数的上下限。因此，在实际操作中，公积金基数5000元所对应的缴纳金额可能会有所差异。对于具体的缴纳标准，建议咨询当地住房公积金管理中心或查阅相关政策文件以获取准确信息。